Akt o ustanovitvi in Statut Zavoda Inštitut za elektronsko participacijo določata tridelno organizacijsko strukturo zavoda, ki jo sestavljajo direktor zavoda, svet zavoda in strokovni svet.
Ustanovitelj in direktor zavoda: mag. Simon Delakorda, univ. dipl. pol.
Člani sveta zavoda: mag. Primož Šporar, univ. dipl. prav., predstavnik zainteresiranih javnosti, mag. Vita Habjan Barborič, univ. dipl. prav., predstavnica ustanovitelja in mag. Simon Delakorda, predstavnik delavcev.
Člani strokovnega sveta zavoda: izr. prof. dr. Tanja Oblak Črnič (Fakulteta za družbene vede, Univerza v Ljubljani), dr. Polona Pičman Štefančič (Raziskovalni center Rea IT d.o.o.) in Tomi Ilijaš, univ. dipl. inž. elektrotehnike (direktor Arctur d.o.o.).
Zavod ima enega polno zaposlenega sodelavca s povprečno bruto plačo v višini 1.683,00 EUR v letu 2021.